Accès extérieur à des fichiers protégés par htaccess

Bonjour tout le monde !

J'utilise un répertoire de mon hébergement web pour stocker des fichiers php qui me servent pour une application que je développe. Comme on me l'a conseillé, j'ai crypté ce dernier avec htaccess, et ça marche. Par contre je n'accède plus à mes fichiers depuis l'application et je pense que j'ai un problème de méthode ^^'
Voici le chemin : Application (scripts c#) > php (hébergement web) > Base de données (CloudDB)

Du coup je me pose la question s'il ne faut pas rajouter un fichier php à la racine et protéger un sous dossier avec tous les autres php. Ce qui donnerai :
Appli > php racine > php protégés > BDD
J'ai peur que ça devienne un peu lourd et en plus je ne sais pas quoi mettre dans mon fichier php pour accéder au reste...

bref, je suis un peu perdu...
Merci à vous !